Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ - Phân hiệu Thành phố Hồ Chí Minh (tiền thân là Trường Trung cấp Thủy sản) được thành lập từ năm 1986 theo Quyết định số 462TS/QĐ ngày 25/9/1986 của Bộ trưởng Bộ Thủy sản với tên là Trường Trung học Kỹ thuật và Nghiệp vụ Thủy sản II. Đến năm 2007, sau khi hợp nhất Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Thủy sản, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có Quyết định số 3651/QĐBNN-TCCB ngày 19/11/2007 quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức và đổi tên Trường thành Trường Trung học Thủy sản.

Tháng 7/2017, Trường được đổi tên thành Trường Trung cấp Thủy sản theo Quyết định số 3066/QĐ-BNN-TCCB ngày 19/7/2017 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT về việc đổi tên Trường Trung học Thủy sản thành Trường Trung cấp Thủy sản.

Năm 2019, thực hiện Nghị quyết số 465-NQ/BCSĐ ngày 28/02/2018 của Ban Cán sự Đảng Bộ Nông nghiệp và PTNT về Chương trình hành động thực hiện Nghị quyết số 19-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hoạt động của đơn vị sự nghiệp công lập; Quyết định số 1128/QĐ-LĐTBXH ngày 09/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội về việc sáp nhập Trường Trung cấp Thủy sản vào Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ; Quyết định số 4746/QĐ-BNN-TCCB ngày 11/12/2019 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Phân hiệu của Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ tại Thành phố Hồ Chí Minh, Trường Trung cấp Thủy sản được tổ chức lại thành Phân hiệu Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Ngày 04/3/2020, Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ - Phân hiệu tại Thành phố Hồ Chí Minh ra mắt và thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại Quyết định số 4746/QĐ-BNN-TCCB.

Phân hiệu thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn trong phạm vi nhiệm vụ và quyền hạn của Trường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ và tuân thủ sự điều hành, phân công, phân cấp của Hiệu trưởngTrường Cao đẳng Nông nghiệp Nam Bộ, cụ thể:

-      Xây dựng chiến lược, kế hoạch phát triển Phân hiệu và tổ chức thực hiện sau khi đã được phê duyệt.

-      Thực hiện đào tạo trình độ cao đẳng, trung cấp, sơ cấp theo giấy chứng nhận đăng ký hoạt động giáo dục nghề nghiệp được cấp và quy định của pháp luật. Thực hiện đào tạo thường xuyên, dạy nghề dưới ba tháng và đào tạo, bồi dưỡng thuyền trưởng, máy trưởng, thợ máy tàu cá theo quy định của pháp luật.

-      Thực hiện biên soạn chương trình, giáo trình đào tạo theo quy định của pháp luật; tuyển sinh, quản lý người học; bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của người học; bảo đảm môi trường sư phạm cho hoạt động giáo dục nghề nghiệp; phối hợp với gia đình người học, doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong hoạt động giáo dục nghề nghiệp.

-      Thực hiện kiểm định và đảm bảo chất lượng đào tạo theo quy định của pháp luật.

-      Nghiên cứu khoa học để phục vụ và nâng cao chất lượng đào tạo; ứng dụng các kết quả nghiên cứu, chuyển giao công nghệ vào thực tiễn sản xuất, kinh doanh, dịch vụ.

-      Thực hiện các hoạt động tư vấn, dịch vụ; tư vấn đào tạo, tư vấn việc làm theo quy định của pháp luật.

-      Thực hiện hợp tác quốc tế; liên kết, hợp tác với các tổ chức kinh tế, giáo dục, nghiên cứu khoa học trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật.

-      Thực hiện chế độ thông tin, báo cáo và chịu sự giám sát, thanh tra, kiểm tra theo quy định của pháp luật.

-      Thực hiện công tác tổ chức bộ máy, tuyển dụng, quản lý, sử dụng viên chức, giảng viên và người lao động theo quy định; quản lý, sử dụng tài chính, tài sản, đất đai, cơ sở vật chất, trang thiết bị và các nguồn lực khác của Phân hiệu theo quy định của pháp luật. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo phân công của Bộ trưởng, Hiệu trưởng và quy định của pháp luật.

Địa bàn hoạt động của Phân hiệu chủ yếu là vùng duyên hải Nam Trung Bộ đến Tây Nguyên, vùng duyên hải và nội đồng Đông Nam Bộ, Tây Nam Bộ.